西暦2058年。はるかイプザーロン太陽系にまで開発の手を広げた人類は、第4惑星ベルウィックに続いて、第３惑星クレアドにも植民を開始していた。だが、平和な生活を打ち破るように、異星人=ククトニアンが襲撃してきた。クレアド星入植者の子どもロディ・シャッフルたちは、ベルウィック星に避難するためシャトルに乗り込んだが、その際に両親と離ればなれになってしまう。しかも、ベルウィック星に向かうべく乗り換えた地球軍練習艦“ジェイナス”は、ククトニアンの激しい攻撃にあい、わずかな大人と子どもたちの手で操艦することになってしまう。
　だが、たどりついたベルウィック星もまた、壊滅状態だった。ベルウィック星の生き残りの子どもカチュア、ジミー、バーツを仲間に加えるロディたち。しかし、救援を求めに出たクレーク博士も死亡してしまい、子どもたちの側にいる大人はケイト一人きりになってしまう。
　ケイトと子どもたちはジェイナスに戻り、地球を目指して出発した。だが、そんなジェイナスに、ククトニアンの負傷者ラレドが救出された。彼の話で、カチュアがククトニアンであることがわかり、子どもたちの間にも亀裂が走る。いたたまれなくなったカチュアはジェイナスを飛び出したが、無事に戻ってきた。しかし、その代償としてケイトが帰らぬ人となってしまう。
　ジェイナスを逃がすために犠牲になったラレドの話では、タウト星というところに地球人の捕虜が囚われているらしい。子どもたちは自分たちの手でジェイナスを操り、タウト星を目指していた……。

　ジェイナスがベルウィック星第2ステーションから出航して2週間あまり、女の子たちの下着が足りないことが問題になっていた。付近を地球軍の補給艦が航行しているが、なかなか合流できず、クレアは苛立っていた。ところが、いきなり通信が飛び込み、スコットが正規のジェイナス艦長のフリをして、応答することになる。
　通信の相手は、駆逐艦レーガン艦長ローデン大佐だった。子どもたちだけでジェイナスを動かしていることを知ったローデンは驚き、補給艦とともにジェイナスに合流してきた。待望の補給物資が手に入り、喜ぶ子どもたち。
　ジェイナスの目的地がタウト星と知り、友軍に援護を要請することを約束するローデン。その頃、ロディとケンツは新型RVのトゥランファムを見に、レーガンに移っていた。だが、そこに敵の攻撃が始まり、ロディとケンツはレーガンに取り残されてしまう。なんとか格納庫にたどり着いた2人は、トゥランファムに乗り込み、間一髪脱出に成功した。
　そこに新型ARVブラグが接近し、トゥランファムはピンチに陥るが、バーツのネオファムとマキのパペットファイターに救われる。子どもたちはレーガンの安否を気遣いつつ、タウト星へ向かうのだった。

　レーガンと別れて以来、子どもたちは地球軍とのコンタクトを求めていたが、なかなか発見することはできなかった。焦るスコットを余所に、クレア以下の女の子たちは下着作りに、ロディたちはRVの整備にとそれぞれ余念がない。そして、マキとケンツはトゥランファムのシミューレーター訓練を始めていた。
　そんな時、地球軍の通信コードを使った通信が入ってきた。“難民保護組織ラピス”のメンバーと名乗る女性の声は、ククトニアン・地球人を問わず人道的立場から保護するので、送信したコードでアクセスするように…と呼びかけている。議論の結果、スコットはこれを無視することにした。しかし、女の声に悪意がないと感じたペンチは、この通信に応じれば両親の話が聞けるかもしれない、と思い悩む。そして、当直のスコットとフレッドをだまして、こっそり謎の相手にアクセスを試みた。ところが、返信の声はさっきとは違う。結局、通話することはできなかったのだが、その通信を探知したのか、敵の部隊が攻撃をかけてきた。自分のせいでこんな事になったと思い詰めて、ブリッジを飛び出してしまうペンチ。戦闘はARVを1機撃破した時点で、敵が撤収していった。
　結局、謎の通信と敵の攻撃との関係は、分からずじまいだった。ペンチを許せないと言うケンツに、みんな両親に会いたい一心なんだと言ってたしなめるバーツ。心配して部屋までやって来たフレッドの優しい言葉にも、ペンチはただ泣き崩れるばかりだった。

　いまだ地球軍と連絡を取れないまま、ジェイナスの航行は続いていた。年長の子どもたちには仕事が山積みで、マルロとルチーナはなかなか遊んでもらえない。マキたちがRVを整備する様子を見ていたマルロは、些細なことでルチーナにバカにされてしまう。RVに乗ってパパやママを捜しに行ってよ…とルチーナに言われたマルロはケンツに相談するが、相手にしてもらえない。
　そんな時、地球軍の駆逐艦カーターから救助信号が入ってきた。ロディとバーツがRVで発信源を偵察に向かうが、バーツのネオファムの中にマルロが潜り込んでいた。カーターを調査したが生存者はなく、引き続き、破壊されたククトニアンの宇宙ステーションを捜索することになる。その最中、マルロがおしっこをしたいと言い出し、バーツたちはエアロックに入った。コクピットを降りて用を足させようとするバーツだが、はずみでマルロが無重力空間を漂い出してしまう。
　そこに損傷したARVルザルガが、攻撃してきた。ロディのバイファムは懸命に応戦するが、エアロックが被弾し、空気が漏れ始める。ようやくマルロに追い付いたバーツは、そこで双子の赤ちゃんを見つけた。なんとか脱出したバーツたちは、赤ちゃんをジェイナスに連れ帰るのだった。

　泣き叫ぶ双子の赤ちゃんに戸惑う子どもたち。病気かと疑って大騒ぎするのだが、小さい子の世話に慣れているシャロンが、てきぱきと指示を出す。お風呂に入れると赤ちゃんは泣きやむが、洗ってあげた髪の毛が緑色であることが判明する。赤ちゃんはククトニアンだったのだ。焦るスコットだったが、他の子どもたちは敵のステーションで見つけたのだから当然だと、冷静に受け止める。
　そんな中、ペンチは赤ちゃんに慣れているシャロンに嫉妬して、図書室から育児書を持ち出してくる。ところが、今度は育児書のやり方を押しつけようとするペンチの態度に、シャロンが腹を立ててしまう。全員が赤ちゃんの世話に走り回っている中、突如敵のビーム砲がジェイナスをかすめた。クレアに恥ずかしい姿を見られたスコットは、つい赤ちゃんに八つ当たりをしてしまう。しかし、赤ちゃんの寝顔を見るうちに、次第に愛着がわいてくる。
　ところが、スコットがうたた寝をした隙に赤ちゃんがいなくなり、大騒ぎになる。ペンチはシャロンが連れ去ったと怪しむが、シャロンは冷静に赤ちゃんを捜し出す。ゴム手袋で作った哺乳瓶をシャロンから渡され、ペンチは反省するのだった。ビーム砲撃はルルド隊による探査活動の一環だった。今やルルドはジェイナスを確実に捉え、その距離を縮めつつあった。

　子どもたちは当番を組んで、仲間に加わった赤ちゃんの世話を始めた。ところがミルクが底をついてしまう。そこに難民保護組織ラピスのメンバーのホルテから通信が入ってきた。彼女にアクセスして、赤ちゃんを引き取ってもらうよう交渉できないか、と思い悩むスコット。他の子どもたちは彼に反発し、バーツ、マキ、ケンツの三人は、ミルクを探そうと赤ちゃんを見つけたステーションに向かった。
　ステーションの倉庫でミルクの箱が見つかるが、古くて使い物にはならない。だが、居住区の中で雌のククトヤギを見つけたバーツは、見事にそれを捕らえ、ジェイナスに帰艦した。
　その頃、ジェイナスに正体不明の小型艇が接近、スコットたちは緊張する。小型艇に乗ってきたホルテは通信で、自分たちの保護下に入るようにとジェイナスを説得する。だが、ロディたちはその申し出を拒否する。ホルテは奇妙な反応をいぶかしみながら、ジェイナスから離れていった。だが、その様子をルルドの戦闘艦がモニターしていた。彼は敢えて攻撃をかけず、しばらく様子を見守ることにするのだった。

　いまやルルドの戦闘艦は、ジェイナスを攻撃圏内に収めていた。ジェイナスに搭載されている遺跡の回収が任務であるルルドは、慎重に攻撃の時機をうかがう。
　そんな事情を知らないジェイナスの子どもたちは平穏な生活を送っていた。だが、ジェイナスに接触を試みてきたホルテたちの真意を巡って、意見が対立する。そんなところへ、ふたたびホルテたちが乗艦許可を求めてきた。子どもたちは対応に迷うが、話をすることで地球軍の情報が得られるかもしれないというロディの提案で、格納庫に小型艇を収容する。
　エアロックで少年兵に扮したスコットと対話するホルテは、一向に大人が出てこないことを怪しむ。スコットとホルテの会話の最中に、彼女の小型艇から不審な交信波が発信されはじめた。ルービンも異常に気づき、不審なチップを外したが、それはルルドの部隊が仕掛けたものであった。ルルドは通信で知った赤ん坊の声に、不信を抱く。
　バーツたちがエアロックに駆けつけ、敵のスパイだとルービンに銃を向けたとき、ルルド艦がビーム攻撃を始めた。ホルテは身の潔白を証明しようと、攻撃をやめさせるためにルービンを小型艇でルルド艦に向かわせ、自らは人質としてジェイナスに残ることにするのだった。

　ルルド艦からの攻撃により、ジェイナスは危機に陥っていた。双子の赤ちゃんが怯えて泣き叫び、ククトヤギが艦橋を走り回る。
　小型艇に乗り込んだルービンは必死の決意でルルド艦に接近し、攻撃を中止するように訴えた。彼女を艦内に迎え入れたルルドは、避難民の収容が完了するまで停戦すると約束する。だが、同時にジェイナス攻撃の準備をも進めていた。
　攻撃が中止され、ジェイナス艦内の一室に軟禁されていたホルテは解放を訴えるが、スコットにはみんなの反対を押し切ることができない。ホルテはケンツの隙をついて、部屋から脱出する。艦橋へやってきたホルテは、ジェイナスには子どもたちしかいないことを知り、愕然とする。
　その頃、ルルドは攻撃を中止したと安心させて、ルービンをジェイナスに戻らせる。そこへ、ルルドの家族が住んでいたステーションが戦闘に巻き込まれ、誰も救助されなかったとの報がもたらされる。ルルドは戻っていくルービンに、ジェイナスに収容されている避難民の写真を電送するよう、停戦の条件を求める。
　一方、子どもたちの事情を知ったホルテは感動と罪悪感に号泣する。子どもたちを命がけで保護すると宣言するホルテ。
　ジェイナスに戻ってきたルービンの報告を聞き、ホルテはラピスの艦に子どもたちを収容しようとする。だが、ホルテの説得にも、子どもたちは納得できなかった。ホルテたちに反発するバーツとケンツは、ふたたび彼女らを人質として軟禁するのだった。
　そして、ルルドは写真が届かないことに苛立ち、揺さぶりをかけることを決意する。

　軟禁しているホルテとルービンの安全を考慮したのか、ルルド艦はジェイナスを追尾するだけで、攻撃してこなかった。ようやく日常を取り戻す子どもたちだが、緊張が失われたわけではない。ホルテはなんとか子どもたちの心を開かせようと、一計を案じる。
　ホルテはクレアを通じて、スコットに軟禁からの解放を訴える。クレアは難民収容所に入ることだけは、断固として拒絶する。一方、ケンツは尋問しようとルービンに銃を向けるが、中立を守るためには銃口をも怖れない姿に、なぜか惹かれていく。
　つながれていたヤギが走り回る姿を見て、ペンチはホルテたちを閉じこめておくのは気の毒だと言い出した。ケンツさえもが同意して、ホルテたちの軟禁は解かれることになった。
　ホルテたちはお礼にお食事会を開くことにした。ククト料理の腕をふるうルービン。開会にあたって、自分たちがいる限りジェイナスが攻撃されることはないから安心してほしい、とホルテは挨拶する。ごちそうに大喜びする子どもたち。だが、その最中に、敵の大規模な攻撃が開始された。迎撃に出るロディたち。ルービンはルルド艦に通信を送り、攻撃の中止を求めた。返信はなく、ルービンは双子の赤ちゃんの写真をルルド艦に電送した。
　ブラグ５機の猛攻の前に、劣勢に追い込まれるロディたち。だが、ARVは突如、攻撃をやめ、引き返していった。生き延びることはできたものの、自分たちの存在ではククト軍の攻撃を抑えることができないことを知り、ホルテはショックを受けるのだった。

　攻撃部隊を収容したルルド艦では、副官のバリルがブラグのメンテナンス終了次第の攻撃を命令しようとする。だが、ルルドがその指令を制止する。ルルドはジェイナスから電送された赤ちゃんの写真を見て、激しく動揺していたのだ。
　一方、同胞であるククト軍の非人道的な攻撃にすっかり自信をなくしたホルテは、ジェイナスのテラスで落ち込んでいた。しかし、ジミーの素直な振る舞いに心を打たれた彼女は元気を取り戻し、何か役に立てることはないかとブリッジに向かった。
　その頃、ジェイナス艦内では、空調システムに異常が発生し、艦内の温度が下がり始めていた。原因がわからず、ボギーも不調を訴える。自分たちの力で困難を乗り切ろうとする子どもたちの姿に、協力するルービン。一同は調査の結果、艦内の一部を閉鎖して、修理することにした。しかし艦内の修理だけでは問題は解決せず、船外作業が必要と分かる。
　しかも、艦内温度が低下したため、赤ちゃんが高熱を出してしまう。ホルテたちは赤ちゃんを医務室に運ぶが、停電のせいで治療ができない。さらに前方から、戦場を離脱した敵の部隊が攻撃をかけてきた。ルービンは赤ちゃんを救うために、敵襲の中、危険な船外作業を開始する。彼女を守るためにロディたちも出撃し、敵部隊を食い止めた。ルービンの決死の作業でジェイナスの空調は正常に戻った。そして赤ちゃんたちは、ホルテの懸命の看護で熱が収まるのだった。

　ジェイナスの空調は、ようやく完全に復旧していた。双子の赤ちゃんも元気になり、子どもたちは世話に励む。赤ちゃんの方も、シャロンたちになついてきたようだ。
　ホルテとルービンは状況を打開するため、ラピスの母船キエフ号に連絡を試みるが、ククト軍の妨害電波のため交信できない。ルービンはキエフをジェイナスにランデブーさせるため、キエフに向かおうとする。
　子どもたちは赤ちゃんの今後について会議を開いた。自分たちで赤ちゃんの世話を続けるには限界があるのでホルテたちに預けよう、という提案にシャロンは激しく反発する。結局、多数決でその提案が採用された。ホルテはそれを歓迎して、さらに他の子どもたちも保護したいと説得する。だが、子どもたちはその提案を受け入れることはできなかった。
　ルービンがキエフに出発しようとしていたところへ、ARVブラグが接近してきた。ルルドが自ら１機で出撃してきたのだ。避難民を引き渡さないと、30分後に総攻撃を仕掛けると通告するルルド。ホルテの説得にも、ルルドは耳を貸そうとしない。
　そのさなか、ようやくキエフとの交信がつながった。ホルテはラピス本部を通じて、ルルド艦に攻撃中止を要請しようとする。そして、意外な事実が判明した。双子の赤ちゃんの父親は、いまジェイナスに銃口をつきつけているルルドであったのだ。

　ルルドからの最後通告を受けて、子どもたちはどうすべきか議論を始める。ホルテは双子を危険にさらさないよう、懸命にルルドを説得する。だが、ルルドはホルテの言葉になんの反応も示さない。さらに、後方からARVが10機も迫ってきた。ジェイナスを捨てて、脱出するよう、子どもたちを説得するホルテ。結局、スコットの決断で子どもたちはホルテの提案に従うことにした。ところが、シャロンはあんな鬼のような親に赤ちゃんは渡せないと、双子とともに部屋に閉じこもってしまう。
　約束の時間が過ぎても、子どもたちの準備は整わなかった。時間延長を提案するスコット。だが、ルルドはついにジェイナスへ攻撃を開始する。ロディは応戦しようとするが、相手が双子の父だと思うと、全力が出せない。さらに、ルルド隊の副官バリルが率いるARV隊がやってきた。
　しかし、バリルは自分の子どもを巻き添えにして攻撃を続けるルルドを制止して、そのまま撤退していった。事情が分からず、あっけにとられる子どもたち。ひとまず危機は去ったのだ。
　攻撃が収まったところを見計らって、赤ちゃんにミルクをあげようと、シャロンは閉じこもっていた部屋の戸を開く。すると、そこにはミルクを持ったカチュアが待っていた。カチュアは地球人に育てられた自分の気持ちを語る。その言葉に、シャロンはどんな親でも、双子の親だと気づくのだった。

　艦に帰還したルルドはバリルを叱責する。ククトニアンの未来のため、遺跡が地球軍の手に渡ることだけは避けなければならない。ルルドは再攻撃を指令する。
　一方、ジェイナスでは敵の奇妙な行動をいぶかしみながらも、今のうちに脱出を図ろうと作戦を練っていた。ところが、ジェイナスのエンジンを最大出力にするには時間がかかってしまう。そこで時間稼ぎのため、避難民が脱出を図っているように見せかけようとするのだが、ルルドの部隊はふたたび攻撃を開始した。
　ジェイナスのエンジンは出力が上がらない。スコットは応戦を命じるが、敵の圧倒的な攻撃の前に、出撃したロディとバーツも追い詰められていく。ラピスは中立を守るはずだったが、ルービンはたまらずに子どもたちに力を貸し、応戦してしまう。被弾し、退却を余儀なくされるロディたち。
　ARVにジェイナスが包囲され、もはやこれまでというとき、シャロンが双子の赤ちゃんを連れて、宇宙服でジェイナスを飛び出した。陰謀ではないかと疑うルルド。だが、赤ん坊に敵も味方もない、と語るシャロンの言葉に衝撃を受けるルルド。しかも、ジェイナスのクルーが子どもだけだと知って、彼らのうちから戦意は消えていった。ルルドはARVのハッチを開け、自ら双子を受け取ると、部隊を撤退させていった。バリルは目標の地球艦は存在しないと軍本部に報告、追撃をやめるのだった。
　ようやく平和が訪れたジェイナスの艦内で、シャロンは双子と別れた悲しさを噛みしめる。