第1話「再び13人!!」

だが、たどりついたベルウィック星もまた、壊滅状態だった。ベルウィック星の生き残りの子どもカチュア、ジミー、バーツを仲間に加えるロディたち。しかし、救援を求めに出たクレーク博士も死亡してしまい、子どもたちの側にいる大人はケイト一人きりになってしまう。
ケイトと子どもたちはジェイナスに戻り、地球を目指して出発した。だが、そんなジェイナスに、ククトニアンの負傷者ラレドが救出された。彼の話で、カチュアがククトニアンであることがわかり、子どもたちの間にも亀裂が走る。いたたまれなくなったカチュアはジェイナスを飛び出したが、無事に戻ってきた。しかし、その代償としてケイトが帰らぬ人となってしまう。

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第2話「戦場真っ只中! 必死の逃避行!」

通信の相手は、駆逐艦レーガン艦長ローデン大佐だった。子どもたちだけでジェイナスを動かしていることを知ったローデンは驚き、補給艦とともにジェイナスに合流してきた。待望の補給物資が手に入り、喜ぶ子どもたち。
ジェイナスの目的地がタウト星と知り、友軍に援護を要請することを約束するローデン。その頃、ロディとケンツは新型RVのトゥランファムを見に、レーガンに移っていた。だが、そこに敵の攻撃が始まり、ロディとケンツはレーガンに取り残されてしまう。なんとか格納庫にたどり着いた2人は、トゥランファムに乗り込み、間一髪脱出に成功した。

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第3話「敵か味方か? 謎の女のメッセージ!」

そんな時、地球軍の通信コードを使った通信が入ってきた。“難民保護組織ラピス”のメンバーと名乗る女性の声は、ククトニアン・地球人を問わず人道的立場から保護するので、送信したコードでアクセスするように…と呼びかけている。議論の結果、スコットはこれを無視することにした。しかし、女の声に悪意がないと感じたペンチは、この通信に応じれば両親の話が聞けるかもしれない、と思い悩む。そして、当直のスコットとフレッドをだまして、こっそり謎の相手にアクセスを試みた。ところが、返信の声はさっきとは違う。結局、通話することはできなかったのだが、その通信を探知したのか、敵の部隊が攻撃をかけてきた。自分のせいでこんな事になったと思い詰めて、ブリッジを飛び出してしまうペンチ。戦闘はARVを1機撃破した時点で、敵が撤収していった。

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第4話「双子の赤ちゃん! 神様からの贈りもの?」

そんな時、地球軍の駆逐艦カーターから救助信号が入ってきた。ロディとバーツがRVで発信源を偵察に向かうが、バーツのネオファムの中にマルロが潜り込んでいた。カーターを調査したが生存者はなく、引き続き、破壊されたククトニアンの宇宙ステーションを捜索することになる。その最中、マルロがおしっこをしたいと言い出し、バーツたちはエアロックに入った。コクピットを降りて用を足させようとするバーツだが、はずみでマルロが無重力空間を漂い出してしまう。

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第5話「総員奮戦せよ! 恐怖の子育て戦争!」

そんな中、ペンチは赤ちゃんに慣れているシャロンに嫉妬して、図書室から育児書を持ち出してくる。ところが、今度は育児書のやり方を押しつけようとするペンチの態度に、シャロンが腹を立ててしまう。全員が赤ちゃんの世話に走り回っている中、突如敵のビーム砲がジェイナスをかすめた。クレアに恥ずかしい姿を見られたスコットは、つい赤ちゃんに八つ当たりをしてしまう。しかし、赤ちゃんの寝顔を見るうちに、次第に愛着がわいてくる。

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第6話「ゆうれい女の正体? 出動ミルク大作戦」

ステーションの倉庫でミルクの箱が見つかるが、古くて使い物にはならない。だが、居住区の中で雌のククトヤギを見つけたバーツは、見事にそれを捕らえ、ジェイナスに帰艦した。

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第7話「乗せる、乗せない! 13人の大決断」

そんな事情を知らないジェイナスの子どもたちは平穏な生活を送っていた。だが、ジェイナスに接触を試みてきたホルテたちの真意を巡って、意見が対立する。そんなところへ、ふたたびホルテたちが乗艦許可を求めてきた。子どもたちは対応に迷うが、話をすることで地球軍の情報が得られるかもしれないというロディの提案で、格納庫に小型艇を収容する。
エアロックで少年兵に扮したスコットと対話するホルテは、一向に大人が出てこないことを怪しむ。スコットとホルテの会話の最中に、彼女の小型艇から不審な交信波が発信されはじめた。ルービンも異常に気づき、不審なチップを外したが、それはルルドの部隊が仕掛けたものであった。ルルドは通信で知った赤ん坊の声に、不信を抱く。

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第8話「ジェイナス危うし! 敵は、内と外にいた?」

小型艇に乗り込んだルービンは必死の決意でルルド艦に接近し、攻撃を中止するように訴えた。彼女を艦内に迎え入れたルルドは、避難民の収容が完了するまで停戦すると約束する。だが、同時にジェイナス攻撃の準備をも進めていた。
攻撃が中止され、ジェイナス艦内の一室に軟禁されていたホルテは解放を訴えるが、スコットにはみんなの反対を押し切ることができない。ホルテはケンツの隙をついて、部屋から脱出する。艦橋へやってきたホルテは、ジェイナスには子どもたちしかいないことを知り、愕然とする。
その頃、ルルドは攻撃を中止したと安心させて、ルービンをジェイナスに戻らせる。そこへ、ルルドの家族が住んでいたステーションが戦闘に巻き込まれ、誰も救助されなかったとの報がもたらされる。ルルドは戻っていくルービンに、ジェイナスに収容されている避難民の写真を電送するよう、停戦の条件を求める。
一方、子どもたちの事情を知ったホルテは感動と罪悪感に号泣する。子どもたちを命がけで保護すると宣言するホルテ。

そして、ルルドは写真が届かないことに苛立ち、揺さぶりをかけることを決意する。
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第9話「ヤギと人質? ふってわいたお食事会」

ホルテはクレアを通じて、スコットに軟禁からの解放を訴える。クレアは難民収容所に入ることだけは、断固として拒絶する。一方、ケンツは尋問しようとルービンに銃を向けるが、中立を守るためには銃口をも怖れない姿に、なぜか惹かれていく。
つながれていたヤギが走り回る姿を見て、ペンチはホルテたちを閉じこめておくのは気の毒だと言い出した。ケンツさえもが同意して、ホルテたちの軟禁は解かれることになった。
ホルテたちはお礼にお食事会を開くことにした。ククト料理の腕をふるうルービン。開会にあたって、自分たちがいる限りジェイナスが攻撃されることはないから安心してほしい、とホルテは挨拶する。ごちそうに大喜びする子どもたち。だが、その最中に、敵の大規模な攻撃が開始された。迎撃に出るロディたち。ルービンはルルド艦に通信を送り、攻撃の中止を求めた。返信はなく、ルービンは双子の赤ちゃんの写真をルルド艦に電送した。

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第10話「ジェイナスが凍る! 幼い命を救え!」

一方、同胞であるククト軍の非人道的な攻撃にすっかり自信をなくしたホルテは、ジェイナスのテラスで落ち込んでいた。しかし、ジミーの素直な振る舞いに心を打たれた彼女は元気を取り戻し、何か役に立てることはないかとブリッジに向かった。
その頃、ジェイナス艦内では、空調システムに異常が発生し、艦内の温度が下がり始めていた。原因がわからず、ボギーも不調を訴える。自分たちの力で困難を乗り切ろうとする子どもたちの姿に、協力するルービン。一同は調査の結果、艦内の一部を閉鎖して、修理することにした。しかし艦内の修理だけでは問題は解決せず、船外作業が必要と分かる。
しかも、艦内温度が低下したため、赤ちゃんが高熱を出してしまう。ホルテたちは赤ちゃんを医務室に運ぶが、停電のせいで治療ができない。さらに前方から、戦場を離脱した敵の部隊が攻撃をかけてきた。

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第11話「赤ちゃんは元気に! 両親はどこにいる!」

ホルテとルービンは状況を打開するため、ラピスの母船キエフ号に連絡を試みるが、ククト軍の妨害電波のため交信できない。ルービンはキエフをジェイナスにランデブーさせるため、キエフに向かおうとする。
子どもたちは赤ちゃんの今後について会議を開いた。自分たちで赤ちゃんの世話を続けるには限界があるのでホルテたちに預けよう、という提案にシャロンは激しく反発する。結局、多数決でその提案が採用された。ホルテはそれを歓迎して、さらに他の子どもたちも保護したいと説得する。だが、子どもたちはその提案を受け入れることはできなかった。
ルービンがキエフに出発しようとしていたところへ、ARVブラグが接近してきた。ルルドが自ら1機で出撃してきたのだ。避難民を引き渡さないと、30分後に総攻撃を仕掛けると通告するルルド。ホルテの説得にも、ルルドは耳を貸そうとしない。

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第12話「ひとり足りない!? 脱出へのカウントダウン」

約束の時間が過ぎても、子どもたちの準備は整わなかった。時間延長を提案するスコット。だが、ルルドはついにジェイナスへ攻撃を開始する。ロディは応戦しようとするが、相手が双子の父だと思うと、全力が出せない。さらに、ルルド隊の副官バリルが率いるARV隊がやってきた。
しかし、バリルは自分の子どもを巻き添えにして攻撃を続けるルルドを制止して、そのまま撤退していった。事情が分からず、あっけにとられる子どもたち。ひとまず危機は去ったのだ。

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第13話「絶体絶命! さらば愛しきJr. たち」

一方、ジェイナスでは敵の奇妙な行動をいぶかしみながらも、今のうちに脱出を図ろうと作戦を練っていた。ところが、ジェイナスのエンジンを最大出力にするには時間がかかってしまう。そこで時間稼ぎのため、避難民が脱出を図っているように見せかけようとするのだが、ルルドの部隊はふたたび攻撃を開始した。
ジェイナスのエンジンは出力が上がらない。スコットは応戦を命じるが、敵の圧倒的な攻撃の前に、出撃したロディとバーツも追い詰められていく。ラピスは中立を守るはずだったが、ルービンはたまらずに子どもたちに力を貸し、応戦してしまう。被弾し、退却を余儀なくされるロディたち。

ようやく平和が訪れたジェイナスの艦内で、シャロンは双子と別れた悲しさを噛みしめる。
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