まもなく到着するラピスの母船キエフ号でしばらく休息するよう、子どもたちに提案するホルテ。彼らを収容所に送ることはあきらめたものの、キエフと合流すれば、タウト星のくわしい情報がわかると考えたのだ。そこへ、キエフから通信が入った。ラピスのメンバーから、双子の赤ちゃんが母親のもとへ戻ったと聞いて、喜ぶ子どもたち。しかし、シャロンは今までの緊張が解け、呆然自失となっていた。
　スコットとクレアは一足先にホルテたちとキエフに向かい、両親の居場所についての情報収集を始めた。ロディ、バーツ、ジミー、カチュア、シャロンはそれぞれの理由からジェイナスに残ったが、他の子どもたちはキエフに乗艦して、久々にくつろいだ雰囲気を楽しんでいた。
　ところが、ラピスにも子どもたちの両親に関する情報はほとんどなかった。タウト星はククト軍の拠点として、厳重に警戒されているためだ。そこへ、子どもたちを事情聴取すべく、ククト軍がキエフに向かっているとの連絡が入る。不安を感じた子どもたちは、ルービンの小型艇で、ジェイナスに戻った。
　子どもたちはラピスに迷惑をかけることはできないと、自分たちだけでタウト星に行くことを決意する。子どもたちの決意を感じとったルービンは、ケンツに形見のペンダントを渡し、そのままキエフに戻った。ホルテたちに感謝と別れの言葉を伝えて、子どもたちはふたたび、自分たちだけの旅を始めるのだった。

　ふたたび子どもたちだけになったジェイナスは、タウト星へ向かって航行していた。しかし、度重なる戦闘によるジェイナスの損傷は大きく、子どもたちはその修理に追われ、疲れて果てていた。
　そんな中、バーツがルチーナに発したうかつな言葉が、マキたち女性の機嫌を損ねてしまう。互いに引くに引かれなくなり、ついに女の子たちは男の子たちと戦闘状態に突入してしまう。食事にまで悪戯をされ、激怒する男の子たち。
　険悪なムードの中、スコットはなんとか事態を打開しようと一計を案じ、男女対抗戦を行うことになった。1回戦の障害物競走はカチュアが、2回戦のキャベツ切り競争はフレッドが各々勝利した。男女仲よく引き分けたのだから、仲よくしようと提案するスコット。しかし、その言葉を聞く者はいなかった。
　つまみ食いを見つかり、屈辱を味わったケンツは、その復讐に消火器を持ち出して、女の子たちに吹きかける。女の子側も反撃し、駆けつけたロディたちも巻き込んで、食堂は大混乱になった。しかし、この騒ぎで子どもたちのストレスは発散され、いつしか対立も解けていたのだった。

　子どもたちは懸命にジェイナスの補修にかかっていたが、破損箇所は多く、とても追いつく状況になかった。ボギーのも依然として不調で、ついには水廻りまでおかしくなっていく。
　そんな中、シャロンが体重計を悪戯し、引っかかったスコットは、ダイエットのため早朝ジョギングを始める。みんなにも勧めるのだが、太っていると言われたような気がして、クレアやペンチは気を悪くしてしまう。
　ジョギングを開始して２日目、みんなにも参加を呼びかけたのだが、スコットにつきあう者はいなかった。ひとりで走っていたスコットだが、ふとした拍子にシャワールームの配水管が破れて大量の水が吹き出しはじめる。急を聞いて駆けつけたシャロンとケンツが直そうとするが上手くいかず、さらにシャワールームの扉が開かなくなってしまい、2人は閉じ込められてしまった。
　早く助けないと2人は溺れてしまう。しかも、艦内に大量の水が溢れれば、ジェイナスの航行に重大な支障を来たしてしまうはずだ。子どもたちは懸命に、2人の救出作戦を繰り広げた。ロディ、バーツ、マキの活躍で2人は間一髪救出された。シャワールームから回収された水は、即席のプールとなって、子どもたちに束の間の安らぎを与えるのだった。

　ある夜、不気味な声をあげる奇妙な影を目撃したペンチ。みんなに一生懸命説明するのだが、誰も相手にしてくれない。翌日、無人の部屋で幽霊を見たというフレッドとケンツの訴えを受けて、バーツたちが調査に向かうが、その部屋には人物画があるだけだった。不安がるペンチを守ってあげる、と約束するフレッド。だがその夜、再び現れた影と声にフレッドは怯えてしまい、ペンチの信頼をすっかり失ってしまうのだった。
　クレアたちによって、謎の影の正体はククトヤギのメリーとわかったが、声の原因は謎のままだ。そこでロディとバーツ、フレッドが調査に向かうことになった。天井裏に入ると例の音が聞こえてきたが、怯えるフレッドはロディとバーツについていくことができない。しかも、ロディたちは突然、行方不明になってしまう。
　助けを求める声を聞いて勇気を奮い起こしたフレッドは、必死に進み、やがて空調室にたどり着いて、ファンに絡みついた布が奇妙な声の原因であることをつきとめる。　ロディとバーツの芝居でヒーローに仕立てられたフレッドは、ペンチの信頼を取り戻すことができたのだった。

　ルルド隊の攻撃でボギーの調子がおかしくなってから、２週間が過ぎていた。次第に子どもたちの間に、ボギーへの不信感が募っていく。正しく入力したはずの航路データへ頑固に修正要求を出され、マニュアル操縦まで検討するスコット。その上、オート設定で調理していたはずのグラタンが焦げて、火災騒ぎが発生する。ここに至り、スコットたちはボギーへの怒りを爆発させた。カチュアは懸命にボギーをかばい、一人でボギー本体の修理作業にかかる。
　徹夜でメンテナンスを行っていた彼女の努力を知っているフレッドは、ロディとともにカチュアの作業を手伝うことにした。やがて３人は修理に成功するが、それでもボギーはシステムデータにエラーがあると主張して、ゆずらない。
　相次ぐトラブルに苛立つスコットは、ついにボギーとブリッジの接続を解除してしまう。しかし、やがてボギーの警告通りに、前方から奇妙な物体が接近してきた。なんと機雷群である。ロディとバーツがRVで排除にかかるが、機雷の数に圧倒されてしまう。ついに機雷に包囲され、ジェイナスは動きが取れなくなってしまった。その時、スコットが入力したデータのミスを、フレッドが発見した。カチュアがその箇所を修正すると、ボギーはふたたび正常に稼動しはじめる。ボギーの的確な分析と指示で、ジェイナスは機雷原を突破することができた。
　結局、ボギーの不調の原因と思われていた現象の多くは、操作する側のミスによることが判明した。スコットは、自らの慢心を深く反省するのだった。

　ジェイナスのレーダーによると、ククト星には二つの衛星が観測された。そのどちらが目指すタウト星なのか、区別がつかない。ククト語で“タウト”は、“月”を意味する言葉なのだ。地球人の捕虜がどちらに収容されているかわからないため、スコットの決断で大きくて大気がある方を目的地のタウト星と仮定して、進路を取ることにした。
　やがて、タウト星には敵の宇宙ステーションが周回していることが分かり、ロディ、バーツ、そしてマキとケンツがRVで偵察に向かった。ステーション内部には地球の民間用シャトル“ロブスター号”が駐機しており、中からポール・チェンバー少佐と名乗る、地球軍の服装をした男が現れた。だが、彼は軍人ではなく、植物学者であることが判明した。バーツがさらにチェンバーを問い詰めようとしたとき、彼の妻・ククトニアンのリグレーが銃で脅迫してきたため、４人は人質になってしまう。
　チェンバーはバイファムを操縦し、ジェイナスを明け渡すように要求する。人質を取られたスコットはやむなく格納庫のハッチを開けた。その頃、機転を働かせた4人は無事脱出に成功。ジェイナスに乗り込んだチェンバーも、子どもたちに取り押さえられるのだった。
　チェンバー夫妻は、タウト星にいる彼らの一人息子アランを救いに行くところだったと身の上を話す。ジミーから一緒に行けばいいと言われて、喜ぶチェンバー夫妻。子どもたちは早速、故障したロブスター号の修理に取りかかった。

　子どもたちはチェンバー夫妻への警戒を解けないままに、タウト星降下に向けての準備を進めていた。シャトルは、無事修理できた。RVの地上への降下は、機体を耐熱シートで包んだうえパラシュートを装備し、シャトルの翼をバリュート代わりにすることで、なんとかめどがついた。無人となるジェイナスは、タウト星周回軌道に定位させることにした。
　降下の準備が整い、子どもたちはチェンバー夫妻とともに、シャトルに乗り込んだ。ジェイナスに残って、みんなを送り出すロディとバーツ。二人はジェイナスの電源を落とすと、RVに搭乗して、シャトルの翼にとりつき、大気圏突入を敢行する。
　子どもたちが乗ったシャトルはなんとか大気圏内での減速に成功するが、ポールが事前に入力していた着陸地点には、滑走路が見つからない。マキはとっさの機転で、干上がった湖の湖底に、シャトルを強行着陸させた。また、2機のRVもかろうじて着陸に成功した。
　ロディとバーツを出迎えるスコットたち。彼らが互いに着陸成功を喜んでいると、シャトルに残っていたケンツから通信が入った。なんと、チェンバー夫妻がトラックごと消えてしまったというのだ。

　チェンバー夫妻に大型トラックを奪われてしまった子どもたちは、残された小型の幌付トラックで、ポールが描いた地図に描かれている収容所の場所に向かうことにした。一行に先行する、ロディとバーツのRV。
　だが、その前方に巨大な雪山が立ちはだかった。道なき道を必死に進むトラック。しかし、進路上の雪は深くなる一方だ。バイファムとネオファムを偵察に向かわせ、トラック隊はジミーが見つけた洞窟で待機することにする。
　その頃、チェンバー夫妻のトラックは、子どもたちとは異なる道をいずこへかと向かっていた。ポールが教えた捕虜収容所の場所がデタラメだったと知り、怒るリグレー。罪悪感を感じたポールは、道を引き返した。
　ようやく天候が回復し、子どもたちは収容所があると思われる基地を発見した。ロディとバーツが乗り込むが、そこには人の気配がなく、既に放棄されたようだった。もちろん両親の姿はどこにも見えない。ポールに騙されたのだ。愕然とする子どもたち。
　失意のうちにシャトルに戻った子どもたちは、そこにレッド・ベアーの旗が立っているのを見て驚く。そこにはチェンバー夫妻からの置き手紙が残されていた。その手紙によると、子どもたちの両親がいるのは、もう一つのタウト星だというのだ……。

　チェンバー夫妻にだまされたと知って、愕然とする子どもたち。ペンチは泣きだし、ケンツとシャロンは２人を捕まえると息巻く。みんなが腹をたてていたが、本物のタウト星は近くにあるというカチュアの言葉に、希望を見いだす。しかし、そのためにはこの星から脱出しなければならない。シャトルがまだ壊れていないとわかり、両親がいるもう一つのタウト星へ向かおうと決意する子どもたち。チェンバー夫妻への仕返しを放り出して、一行はシャトルの状態をチェックする。いろいろと破損箇所はあるものの、なんとかなりそうな目処がつく。
　その夜、たき火を囲んで食事をしながら、子どもたちはシャトルの離陸計画を練る。滑走路代わりになる草原まで、バイファムとネオファムでシャトルを運べば、飛び立てるはずだ。
　翌日、子どもたちはRVで、シャトルを草原に移動させた。そんな中、逃げ出したメリーを追うカチュア、ジミー、マルロ、ルチーナの前に、チェンバー夫妻が現れた。シャトルへ謝りに行こうとする二人に、カチュアが今は行かない方がいいと告げる。二人は、自分の息子に会いにこの星に来たことは本当だと語り、非礼を詫びて立ち去った。
　シャトルの移動が終わったところで、カチュアはチェンバー夫妻のことを告げた。ケンツは捕まえに行こうとするが、他の子どもたちの関心は、もう夫妻にはなかった。出発直前、ロディとバーツは、残していくバイファムとネオファムがククトニアンの手に渡らないよう、川や沼に沈めてしまう。
　やがて一行はシャトルに乗り込み、草原を滑走路として離陸を試みる。だが、草原の様子がおかしい。さらに草がからんでフラップも動かない。干上がった湖に転落する寸前にかろうじて止まったものの、シャトルは大破してしまった。

　子どもたちは全員無事だったものの、大破したシャトルはもはや飛行不能だった。この星のことをよく知っているはずのチェンバー夫妻を見つけて、脱出の手段を聞き出すしかないと考える子どもたち。バイファムとネオファムを引き揚げる、ロディとバーツ。トラックの準備を進め、一行は二人の捜索に出発した。
　翌日、ジェイナスに積んであった謎の遺跡と似た物体を、ロディが森の中に見つける。スコットたちが偵察に向かうと、そこには研究施設らしい廃墟があり、すぐ近くでチェンバー夫妻も見つかった。子どもたちが夫妻を問い詰めようとしたとき、突如ククト軍が攻撃してきた。この星から脱出する方法を聞き出すため、夫妻を守って戦う子どもたち。
　なんとか撃退に成功した子どもたちは、チェンバー夫妻を詰問する。ククトニアンのリグレーと結婚した、自分の半生を語るポール。地球とククトの不幸な争いの中で死んでいった息子アランの墓を作るため、夫妻はこの星にやってきたのだ。
　シャトルが壊れたなら、この星から脱出する手段はないというポールの言葉に、子どもたちは絶望に沈んでしまう。だが、子どもたちの姿に息子アランの面影を見たリグレーが、彼らのために力を尽くそうと、ポールに話す。子どもたちを脱出させるために元気を取り戻すポールであったが、子どもたちには不安がつのるのばかりだった。

　ポールは、子どもたちをジェイナスに戻すと言ったものの、名案が浮かばない。しかし、リグレーの発案で、ククト軍を誘い出し、輸送機を奪うことになった。この星には輸送機はないが、ポールが事故を装って呼び出せばよい。子どもたちは不安を覚えつつも、この作戦に協力する。
　ケンツとポールはケンカしつつ、通信機を修理する。ところが修理を終えると、ククト軍は先に撃墜した巡回隊の救助のため、すでにこちらに向かっていることが判明した。子どもたちは急いで避難し、ロディとバーツがククト兵を捕らえるため、RVで落とし穴を作った。
　そして、ククト軍の輸送機がやってきた。見事に兵士たちを捕らえるポールたち。ポールとケンツが輸送機に乗り込んで試し運転を始めたが、ポールが知る昔の機体とは操縦法が異なっている。そのため、二人はうまく操縦できずに、輸送機を墜落させてしまう。こうして、子どもたちはせっかくのチャンスを失ってしまった。

　せっかく手に入れた輸送機が壊れてしまい、がっかりする子どもたち。だが、ポールが、新しい方法を思いついた。
　かつて物資輸送に用いていた、カーゴの発射台が使えるかもしれないというのだ。子どもたちは希望を見いだすが、それはあまりにも原始的な施設であり、不安を感じずにはいられない。カーゴそのものでは人の輸送はできないため、カチュアとマキのアイデアで、壊れたシャトルの翼を切り離し、カーゴの代わりに打ち上げることにした。さっそくスコットたちは、発射台の整備を始める。
　シャトルを発射台のレールに運搬する作業を始めるロディたち。だが、そこに穴から脱出したククト兵たちが、ジャーゴで攻撃をかけてきた。ククトヤギの群れに向かうメリーを追っていたジミーとカチュアが、マキやシャロンともどもにククト兵に捕らわれてしまう。
　その時、スコットたちが発射試験をした台車が、戦闘地域のすぐ近くに落下する。驚くジャーゴの隙を突いて、ロディたちは危機を脱した。
　発射テストも成功し、子どもたちがジェイナスに戻れる希望が出てきた。ジミーは、メリーをククトヤギの群れに帰してあげるのだった。

　子どもたちはシャトルの胴体部分を台車に連結して、発射準備を進めていた。一方、自ら歩哨役を引き受けていたチェンバー夫妻は、スコットからシャトルに同乗することを求められ、態度を決めかねていた。
　準備が整い、シャトルの発射制御プログラムが起動しはじめたその時、先の戦闘で退却したククト兵が、ジャーゴで攻撃をかけてきた。ロディとバーツがバイファムとネオファムで応戦するが、慣れない地上での戦いにとまどう。さらに、ビームのエネルギーも少なくなってしまった。シャトルの発射時間が迫る中、体当たりでもして、ロディとバーツを救おうとするポール。そこへスコットとマキが運転するトラックが突っ込んできた。荷台から燃料を放り出し、ケンツとジミーがバズーカで点火する。その必死の作戦で、１機のジャーゴを倒すことに成功。残ったジャーゴをロディが最後のビームで撃破、危機は去った。
　チェンバー夫妻は子どもたちに、この星に残る決意を伝えた。死ぬためにやってきた夫妻は、子どもたちの姿を見ているうちに生き抜く意欲がわいてきたのである。子どもたちは夫妻に別れを告げ、シャトルはレール上を走り出す。その姿を、レッド・ベアーの旗を持ったチェンバー夫妻が見送っていた。
　ふたたびジェイナスに戻った子どもたちは、捕らわれている両親を救出すべく、もう一つのタウト星へ向けて発進するのだった……。