ベルウィック星第２ステーションを発進して、６日が経過した。順調に地球への航行を続けるジェイナス。
RVのチェックを終わらせたロディとバーツは、スコットに船外活動の許可をとる。命綱をつけて、船外に出るロディのバイファムと、バーツのネオファム。
一方、謎の遺跡を分析していたケイトは、熱操作反応によって植物の成長を促進させる機能が備わっていることを知る。その遺跡がクレアド星にあったということは、異星人がクレアド星の自然を再生しようとしていたことを意味している。ならば、クレアド星を汚染したのも異星人、そして彼らこそが先住者なのだろうか！？
　 スコットに内緒で射撃訓練を始めるロディとバーツは、宇宙の広さを実感する。順調な訓練に気をよくした彼らは命綱を切り離してし、そこへ敵ARVルザルガが攻めてきた。バーツの機体が被弾し、ロディは仇とばかりに立ち向かう。マキがパペットファイターで出撃し、ケンツとシャロンが砲座で迎撃する。それぞれが勝手な行動をとりながらも、なんとかルザルガを撃破することに成功した。
戦闘の後、彼らは宇宙をただよう宇宙船の残骸を見つける｡幽霊船にも似たその姿に､子どもたちは不安を覚えるのだった……。

　地球へ急ぐジェイナスの旅路は順調だった。そんな船内で、ペンチが書いていた詩を、シャロンが勝手に読み上げてしまう。泣き出してしまうペンチ。みんなに責められて、シャロンは渋々あやまった。
そんな時、漂流する小型船が発見された。救難信号を出しているにも関わらず通信に応じない船に疑問を持つ子どもたち。ロディとバーツは、正体がわからないまま、小型船をジェイナスに収容する。
小型船に乗っていたのは、瀕死の重傷を負った男であった。男を治療したケイトは、どこかが地球人と違うように感じる。その男性に父の面影を見て、懸命に看病するペンチ。彼に助かる見込みがないことを、ケイトは告げることができなかった。
やがて、男は意識をとり戻した。ペンチは男の前で、両親を思って書いた詩を朗読する。しかし、男の関心はカチュアに向けられていた。悲しむペンチ。男は、ケイトにだけ何事かを告げる。その言葉は、ケイトに深い衝撃を与えた。
　そこへ異星人が襲来した。男は、異星人が追っているのが自分であり、囮になると言い出した。そして、自分は子どもたちが敵と思う異星人＝ククトニアンであると明かすのだった。異星人の男・ラレドは、ペンチに感謝の言葉を告げると、ひとり敵の中へ突入していった……。

　ラレドの死以来、悩みを抱えたケイトは、酒に逃避するようになっていた。
ククトニアンは人工増加のため、母星ククトからの移民を計画していた。クレアド星とベルウィック星へ。しかし、そこへやってきた地球軍が、民間人の研究者中心だった入植者を殺害したのだ。ラレドは、ククトニアンの中にあって和平を願うものだという……。ケイトはラレドの残したそれらの言葉を信じがたく思いながらも、相談する相手さえもいず、事実の重さに耐えかねていたのだ。
ケイトの部屋へ、心配したロディが訪れた。酒が体に良くないと言うロディに、ケイトは子どもにはわからない、と拒絶する。食事を運んできたクレアは、ケイトの部屋でラレドの残したメッセージ・テープを聞いて、もうひとつの真実を知ってしまう。なんと、カチュアが異星人ククトニアンだったのだ。クレアはマキに相談し、それを立ち聞きしたシャロンがみんなに話してしまう。
　子どもたちはカチュアをめぐって、ケンカを繰り返す。ケイトは、ついにラレドの言葉を全員に伝える。そこで、ベルウィック星を脱出した地球の民間人がククト星の衛星タウトに捕らわれていることが明らかになる。子どもたちは悩む。このまま、地球に向かうべきか、それとも……。そして、カチュアは自分の境遇に思い悩む。

　子どもたちは全員で会議を開いた。このまま地球に向かうか、それとも囚われの両親を救うべく、タウト星に進路を変えるか……。みんながタウト星に向かうことを望んだ。しかし、カチュアだけは会議に参加しなかった。自分が異星人であることに悩むカチュアは、これ以上みんなと一緒にいられないと、小型艇でジェイナスから飛び出してしまう。
ケイトは思い悩んでいた。子どもたちの親を取り戻すことなど、できるわけがない。だがカチュアが飛び出したことを知り、ケイトは決意する。大人としての責任を果たそう､と。ケイトのパペットファイターとロディのバイファムが、カチュアを連れもどすために発進した。そんな中、ケイトはロディに語りかける。もう、お酒に逃げたりしない、と。
　 そこへ異星人が襲撃してきた。怖がるカチュアを励ますケイト。彼女が異星人であることにこだわり続けてきたケンツも、カチュアを助けようとする。ロディやケイトたちに迫る３機のウグ！　バイファムは必死に応戦するが、たった１機では防ぎきれない。ケイトはカチュアを説得してジェイナスに帰らせると、ロディとともに異星人に立ち向かった。隙を見て帰艦しようとする二人。だが、ジェイナスを目前にケイトの機体が被弾した。炎を吹き上げる機体から、ケイトは子どもたちに語りかける。爆発する光に向かって、ロディは泣き叫ぶ……。

　13人の子どもだけが残されたジェイナス。子どもたちは、それぞれに深い悲しみを感じながらケイトのお葬式を行う。
ジェイナスはタウト星へ軌道変更の準備を進めていた。自分にもわからないいらだちを感じるロディは、悲しみを忘れようとするかのように仕事に打ち込む。だが、自分を抑えられずスコットたちと衝突したロディはカチュアを責めてしまう。なぜ、あの時、飛び出したりしたんだ！　なぜ、異星人だったりしたんだ！
だが、その言葉は自分と同じように傷ついていたカチュアをさらに苦しめることになる。そのことに気づいたロディは、かつてのケイトと同じように酒におぼれようとする。
　 ジェイナスヘ接近する大型艇の残骸が発見された。一刻も早く処理しなければ、接触してしまう。ケンツとバーツが処理に向かい、ロディが応援に出る。しかし、すべては罠であった。残骸内に３機のARVが隠れていたのだ。ジェイナスに向かったARVはバーツとケンツが倒し、残骸の中でロディは最後の敵と対決する。格闘の末、ARVガッシュを倒したロディのバイファムであったが、身動きがとれなくなってしまう。仕掛けられた爆薬の爆発まで、残り時間はわずか。その窮地を救ったのは力チュアであった。ロディは素直な気持ちでカチュアに礼を言う。

　軌道変更も無事に終わり、ジェイナスは順調にタウト星に向かっていた。しかし、その艦内ではトラブルが相次いでいる。マルロとルチーナが火災報知器のスイッチを押し、艦内に落書きをする。しかし、そのイタズラによって､未発見の格納庫があることがわかった｡巨大なウェア・パペット用バズーカが発見され、ケンツは大喜び。シャロンとともに、船外で試射をはじめてしまう。だが、ケンツは反動でバズーカをジェイナスの外壁にぶつけてしまった。
一方、食事当番のペンチはマルロとルチーナに手伝いを頼む。すると、133人分もの料理が調理機から吐き出されてしまった。ペンチは自分のセット・ミスであることに気づきながら、正直に言い出すことができなかった。
相次ぐトラブルに、スコットはみんなをまとめていく自信を失ってしまう。もうキャプテンをやめる、スコットがそう言い出そうとした時、ペンチが艦内放送で自分の失敗を正直に告白した。ペンチが悪いわけじゃない。やらなければならないことか多すぎて、みんな疲れているんだ。誰もペンチを責めようとはしなかった。
気分転換だと、子どもたちはディスコ大会を開く。みんなの表情に笑顔が戻ってきた！　しかし、堅物のスコットだけは、これで本当にタウト星に行けるのだろうか、と悩むのであった。

　ベルウィック星軌道を離脱して10日目、異星人の通信も傍受できるようになり、それはジェイナスが敵の勢力圏内に入りつつあることを示していた。
ジェイナスの行く手に謎の飛行物体が観測され、緊張が高まる。出撃準備をするロディとバーツ。だが、飛行物体はジェイナスに相対速度を合わせて、見かけ上、静止した。一時、緊張をとく子どもたち。その時、マルロとルチーナがブリッジにやってきた。無邪気に騒ぎたてる二人がカンに触ったスコットはつい、クレアに当たりちらしてしまう。ブリッジでの仕事と、マルロたちの世話、そしてスコットの無神経な言葉に疲れ果ててしまったクレアも我慢しきれず、怒りをスコットにぶつけてしまう。
　にらみあいに耐えきれなくなったロディたちは、静止した飛行物体に接近していく。すると、物体がついに動きだした。しかし、それは罠であった。迫る敵のARVを、ロディたちはなんとか撃退する。
そんな中、マルロが高熱を出してしまう。イライラしたクレアにおびえて、一人で看病しようとするルチーナ。クレアは、そんなルチーナの姿に、自分の言動を後悔する。
戦闘の後、子どもたちは意味不明の敵の通信を解読する。ジェイナスの前方には、異星人の中継基地が存在したのだ。接触まで、あと25時間……。

　ジェイナスがタウト星にたどりつくためには、前方にある中継ステーションを突破しなければならない。それには大きな危険がともなうが、もはや進路を変えることもできない。ステーションからの不正確なビーム攻撃も、スコットを苛立たせていた。
ステーション突破の作戦をめぐり、口論するスコットとロディ。より安全な作戦を調べるために、ロディたちはシミュレーションを行う。
しかし、スコットはその結果を聞ける状態ではなかった。過労から熱を出していたのだ。一同はカチュアに指揮を頼み、シミュレーションの結果を聞く。だが、もっとも確実な先制攻撃をかけた場合でさえ、安全性は高いものではない｡それでも彼らは中継ステーションヘ攻撃を開始する。ロディ、バーツ、マキ、ケンツの攻撃で、ステーション破壊に成功したが、その帰路を敵のARVが襲う。不慣れなカチュアの指揮で、混乱するロディたち。
　その時、無理をおしてブリッジに上がってきたスコットが、指示を出しはじめる。その活躍で無事、ロディたちは危機を回避する。ヘトヘトになりながら帰還したロディやバーツは、スコットがリーダーにふさわしかったことを再確認したのであった。

　中継ステーションを撃破して、ジェイナスはタウト星に向かっていた。だが、その後も敵からのビーム攻撃は続けられている。それもジェイナスをかすめることさえない、無駄な砲撃で……。カチュアは、ドッキングカーゴから発信されている謎のエクストラ力線が関係しているのでは、と考える。
その頃、船内ではシャロンとペンチがケンツの入浴を覗いていた。他人と一緒にお風呂に入らないケンツには、なにか秘密があるのでは、とバーツがつぶやいたためだ。ケンツの秘密、それはおしりの青アザであった。シャロンがそれをみんなに言い触らしてしまい、ケンツは姿をくらましてしまう。
スコットやロディたちは、カーゴに積まれている遺跡を調査する。ここからエクストラ力線が放射されているのではないか、と考えたためだ。ジミーは、遺跡に何か以前と変化があったように感じるのだが……。
ケンツを捜していたフレッドは、倉庫で彼を見つけた。フレッドに、倉庫に積まれていたヌード雑誌を見せるケンツ。そこへやってきたバーツが雑誌を独占し、ケンツたちを追い出してしまう。そんなケンツに、ジミーは自分のおしりを見せる。同じ青アザを見つけたケンツとジミーの問には友情が芽生えた。
　一方、ヌード雑誌を読みふけっていたバーツとロディを捜しにきたスコットは、逆に、ひとり倉庫に閉じこめられてしまった。戦闘が終わった後、ヌード雑誌の山に囲まれた姿を見られ、スコットはシャロンに弱みを握られてしまう。

　長い旅を続ける間に、ジェイナスの艦内では物資が不足しはじめていた。特に女の子たちにとって深刻なのは、下着の問題だ。
そんなジェイナスに、地球軍の艦が接近してきた。カールビンソン級駆逐艦レーガンだ。レーガンから送られてきた暗号通信に、ケンツが軍用コードを使って応える。だが、レーガンは続いて、航行中のジェイナスの任務を訊ねてきた。子どもだけでタウト星に向かっていることが判れば、地球に強制送還されてしまうに違いない。スコットはジェイナス艦長に変装して、通信モニターの前に座った。
ケンツが作ったニセの通信文を手に、レーガン艦長ローデン大佐と交信するスコット。しかし、惜しい所でボロが出て、バレてしまう。レーガンからは新型RV､トゥランファムが接近してくる｡仕方なく、乗り込んできたローデンらに、すべての事情を説明するスコットたち。ローデンはジェイナスを自分たちの指揮下に加えようとする。だが、銃を構えてまでタウト星に向かいたいと望む彼らの姿にうたれたローデン大佐は、後方部隊に、問題なしと連絡した。
　ローデン大佐の好意で下着をはじめとする物資を補給してもらったジェイナスは、駆逐艦レーガンとともに、ふたたびタウト星をめざす。

　レーガンの乗組員たちは、ジェイナスの子どもたちの行動に、あらためて感心していた｡航行をプロの軍人たちが担当するため､子どもたちは久々におだやかな時を過ごす｡この時間を利用して､捕虜救出作戦をたてるロディたち。
一方、スコットはクレアド星から運んできた遺跡を、ローデン大佐に見せていた。ひよっとして遺跡はジェイナスの守護神かもしれん、と語るローデン。
そして、駆逐艦レーガンから補給物資の第２陣が届けられた。その中には、最新鋭のRVも含まれていた。そこへ異星人の部隊が襲ってきた。データにない､新型ARVの部隊である。レーガンの乗員はジェイナスで迎撃しようとずるが、慣れない装備に戸惑う。ローデンの英断で子どもたちは迎撃準備をはじめる。その手際の良さに大人たちは驚かされる。
　 戦闘が開始された。しかし敵は有視界に入るまで攻撃してこない。ローデンは遺跡によって敵のレーダーが異常をきたしていることを悟る。それでも、かつてない規模の敵部隊に、歴戦のパイロットたちが搭乗する新型RV部隊も苦戦を強いられる。ローデン大佐は自らも出撃し、ジェイナスを子どもたちにゆだねた。大佐たちを救うため、続いて出撃するロディとバーツ。だが、大佐は二人をジェイナスに戻らせた。子どもたちは大佐の無事を祈りながら、タウト星への旅路をいそぐのだった……。

ケイトさんが残した記録テープをケンツが見つけてきた。みんなで聞いたそのテープには、クレアド星からの、不安をまじえたケイトの正直な気持ちが残されていた。ロディは、これから先もくじけずに進むことをケイトに誓う……。

ケイトさんの記録デープを聞いた夜、ロディはなかなか寝つかれずにいた。バーツとビールを飲みながら、二人はこれまでの旅のことを語り合う。バーツが酔いつぶれた後、ロディはケイトの言葉を思い出していた……。