第13話「射撃訓練開始! 恐怖の宇宙戦闘初体験!!」

RVのチェックを終わらせたロディとバーツは、スコットに船外活動の許可をとる。命綱をつけて、船外に出るロディのバイファムと、バーツのネオファム。
一方、謎の遺跡を分析していたケイトは、熱操作反応によって植物の成長を促進させる機能が備わっていることを知る。その遺跡がクレアド星にあったということは、異星人がクレアド星の自然を再生しようとしていたことを意味している。ならば、クレアド星を汚染したのも異星人、そして彼らこそが先住者なのだろうか!?
スコットに内緒で射撃訓練を始めるロディとバーツは、宇宙の広さを実感する。順調な訓練に気をよくした彼らは命綱を切り離してし、そこへ敵ARVルザルガが攻めてきた。

戦闘の後、彼らは宇宙をただよう宇宙船の残骸を見つける。幽霊船にも似たその姿に、子どもたちは不安を覚えるのだった……。
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第14話「敵のスパイか!? 舞いこんだ謎の逃亡者」

そんな時、漂流する小型船が発見された。救難信号を出しているにも関わらず通信に応じない船に疑問を持つ子どもたち。ロディとバーツは、正体がわからないまま、小型船をジェイナスに収容する。
小型船に乗っていたのは、瀕死の重傷を負った男であった。男を治療したケイトは、どこかが地球人と違うように感じる。その男性に父の面影を見て、懸命に看病するペンチ。彼に助かる見込みがないことを、ケイトは告げることができなかった。
やがて、男は意識をとり戻した。ペンチは男の前で、両親を思って書いた詩を朗読する。しかし、男の関心はカチュアに向けられていた。悲しむペンチ。男は、ケイトにだけ何事かを告げる。その言葉は、ケイトに深い衝撃を与えた。

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第15話「衝撃!! 異星人が残した意外なメッセージ」

ククトニアンは人工増加のため、母星ククトからの移民を計画していた。クレアド星とベルウィック星へ。しかし、そこへやってきた地球軍が、民間人の研究者中心だった入植者を殺害したのだ。ラレドは、ククトニアンの中にあって和平を願うものだという……。ケイトはラレドの残したそれらの言葉を信じがたく思いながらも、相談する相手さえもいず、事実の重さに耐えかねていたのだ。
ケイトの部屋へ、心配したロディが訪れた。酒が体に良くないと言うロディに、ケイトは子どもにはわからない、と拒絶する。食事を運んできたクレアは、ケイトの部屋でラレドの残したメッセージ・テープを聞いて、もうひとつの真実を知ってしまう。なんと、カチュアが異星人ククトニアンだったのだ。クレアはマキに相談し、それを立ち聞きしたシャロンがみんなに話してしまう。

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第16話「総員援護体制! カチュアを連れもどせ!」

ケイトは思い悩んでいた。子どもたちの親を取り戻すことなど、できるわけがない。だがカチュアが飛び出したことを知り、ケイトは決意する。大人としての責任を果たそう、と。ケイトのパペットファイターとロディのバイファムが、カチュアを連れもどすために発進した。そんな中、ケイトはロディに語りかける。もう、お酒に逃げたりしない、と。
そこへ異星人が襲撃してきた。怖がるカチュアを励ますケイト。彼女が異星人であることにこだわり続けてきたケンツも、カチュアを助けようとする。ロディやケイトたちに迫る3機のウグ!

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第17話「さよならケイト めざせ新たなる目的地!!」

ジェイナスはタウト星へ軌道変更の準備を進めていた。自分にもわからないいらだちを感じるロディは、悲しみを忘れようとするかのように仕事に打ち込む。だが、自分を抑えられずスコットたちと衝突したロディはカチュアを責めてしまう。なぜ、あの時、飛び出したりしたんだ! なぜ、異星人だったりしたんだ!
だが、その言葉は自分と同じように傷ついていたカチュアをさらに苦しめることになる。そのことに気づいたロディは、かつてのケイトと同じように酒におぼれようとする。
ジェイナスヘ接近する大型艇の残骸が発見された。一刻も早く処理しなければ、接触してしまう。ケンツとバーツが処理に向かい、ロディが応援に出る。しかし、すべては罠であった。

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第18話「落書き天国 キャプテン自信喪失!?」

一方、食事当番のペンチはマルロとルチーナに手伝いを頼む。すると、133人分もの料理が調理機から吐き出されてしまった。ペンチは自分のセット・ミスであることに気づきながら、正直に言い出すことができなかった。
相次ぐトラブルに、スコットはみんなをまとめていく自信を失ってしまう。もうキャプテンをやめる、スコットがそう言い出そうとした時、ペンチが艦内放送で自分の失敗を正直に告白した。ペンチが悪いわけじゃない。やらなければならないことか多すぎて、みんな疲れているんだ。誰もペンチを責めようとはしなかった。
気分転換だと、子どもたちはディスコ大会を開く。みんなの表情に笑顔が戻ってきた! しかし、堅物のスコットだけは、これで本当にタウト星に行けるのだろうか、と悩むのであった。

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第19話「もう一つの戦争 ジェイナスの小さなママ」

ジェイナスの行く手に謎の飛行物体が観測され、緊張が高まる。出撃準備をするロディとバーツ。だが、飛行物体はジェイナスに相対速度を合わせて、見かけ上、静止した。一時、緊張をとく子どもたち。その時、マルロとルチーナがブリッジにやってきた。無邪気に騒ぎたてる二人がカンに触ったスコットはつい、クレアに当たりちらしてしまう。ブリッジでの仕事と、マルロたちの世話、そしてスコットの無神経な言葉に疲れ果ててしまったクレアも我慢しきれず、怒りをスコットにぶつけてしまう。

そんな中、マルロが高熱を出してしまう。イライラしたクレアにおびえて、一人で看病しようとするルチーナ。クレアは、そんなルチーナの姿に、自分の言動を後悔する。
戦闘の後、子どもたちは意味不明の敵の通信を解読する。ジェイナスの前方には、異星人の中継基地が存在したのだ。接触まで、あと25時間……。
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第20話「立てスコット! リーダーはきみだ」

ステーション突破の作戦をめぐり、口論するスコットとロディ。より安全な作戦を調べるために、ロディたちはシミュレーションを行う。
しかし、スコットはその結果を聞ける状態ではなかった。過労から熱を出していたのだ。一同はカチュアに指揮を頼み、シミュレーションの結果を聞く。だが、もっとも確実な先制攻撃をかけた場合でさえ、安全性は高いものではない。それでも彼らは中継ステーションヘ攻撃を開始する。ロディ、バーツ、マキ、ケンツの攻撃で、ステーション破壊に成功したが、その帰路を敵のARVが襲う。不慣れなカチュアの指揮で、混乱するロディたち。

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第21話「敵ビーム波状攻撃? 僕たちに明日はある」

その頃、船内ではシャロンとペンチがケンツの入浴を覗いていた。他人と一緒にお風呂に入らないケンツには、なにか秘密があるのでは、とバーツがつぶやいたためだ。ケンツの秘密、それはおしりの青アザであった。シャロンがそれをみんなに言い触らしてしまい、ケンツは姿をくらましてしまう。
スコットやロディたちは、カーゴに積まれている遺跡を調査する。ここからエクストラ力線が放射されているのではないか、と考えたためだ。ジミーは、遺跡に何か以前と変化があったように感じるのだが……。
ケンツを捜していたフレッドは、倉庫で彼を見つけた。フレッドに、倉庫に積まれていたヌード雑誌を見せるケンツ。そこへやってきたバーツが雑誌を独占し、ケンツたちを追い出してしまう。そんなケンツに、ジミーは自分のおしりを見せる。同じ青アザを見つけたケンツとジミーの問には友情が芽生えた。

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第22話「ジェイナス応答せよ!! 地球軍からの通信」

そんなジェイナスに、地球軍の艦が接近してきた。カールビンソン級駆逐艦レーガンだ。レーガンから送られてきた暗号通信に、ケンツが軍用コードを使って応える。だが、レーガンは続いて、航行中のジェイナスの任務を訊ねてきた。子どもだけでタウト星に向かっていることが判れば、地球に強制送還されてしまうに違いない。スコットはジェイナス艦長に変装して、通信モニターの前に座った。
ケンツが作ったニセの通信文を手に、レーガン艦長ローデン大佐と交信するスコット。しかし、惜しい所でボロが出て、バレてしまう。レーガンからは新型RV、トゥランファムが接近してくる。仕方なく、乗り込んできたローデンらに、すべての事情を説明するスコットたち。ローデンはジェイナスを自分たちの指揮下に加えようとする。だが、銃を構えてまでタウト星に向かいたいと望む彼らの姿にうたれたローデン大佐は、後方部隊に、問題なしと連絡した。

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第23話「ジェイナスは僕らの船だ!! 新たなる出発」

一方、スコットはクレアド星から運んできた遺跡を、ローデン大佐に見せていた。ひよっとして遺跡はジェイナスの守護神かもしれん、と語るローデン。
そして、駆逐艦レーガンから補給物資の第2陣が届けられた。その中には、最新鋭のRVも含まれていた。そこへ異星人の部隊が襲ってきた。データにない、新型ARVの部隊である。レーガンの乗員はジェイナスで迎撃しようとずるが、慣れない装備に戸惑う。ローデンの英断で子どもたちは迎撃準備をはじめる。その手際の良さに大人たちは驚かされる。
戦闘が開始された。しかし敵は有視界に入るまで攻撃してこない。ローデンは遺跡によって敵のレーダーが異常をきたしていることを悟る。

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第24話「ケイトさんの日記」
ケイトさんが残した記録テープをケンツが見つけてきた。みんなで聞いたそのテープには、クレアド星からの、不安をまじえたケイトの正直な気持ちが残されていた。ロディは、これから先もくじけずに進むことをケイトに誓う……。
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第25話「ザ・グラフティ ロディ・シャッフル」
ケイトさんの記録デープを聞いた夜、ロディはなかなか寝つかれずにいた。バーツとビールを飲みながら、二人はこれまでの旅のことを語り合う。バーツが酔いつぶれた後、ロディはケイトの言葉を思い出していた……。
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