ロディたちは、新型RV“トゥランファム”の操縦訓練に励んでいた。最新鋭機に搭乗できることに、大はしゃぎするケンツ。ロック・ミュージックをコクピットに流したりしては、ロディたちにあきれられる。やがて、両親が捕らえられているというタウト星が近づいてきた。子どもたちは、なんとか戦わずに接近できる方法がないか、情報を分析する。その結果、４つ存在するタウト星の監視衛星のひとつが、故障していることが明らかになった。航行速度を上げ、その衛星の側を通過しようとするジェイナス。しかし、他の監視衛星に発見され、ARVドギルムの部隊が襲ってきた。ロディたちは迎撃のため、発進する。
　しかし、相変わらす浮かれまくっているケンツが、さらに別の監視衛星にも発見され、ピンチに陥ってしまった。だが、ジェイナスに積まれたままの遺跡が、エクストラ力線を放射する。力戦の影響で、次々と動きを乱していくARV。その機に乗じて、敵を撃破していくロディたち。さらに、監視衛星同士が衝突してしまう。あの遺跡は、ジェイナスにとって本当に守護神＝ガーディアンなのだろうか？
　なんとか危機を脱したジェイナスは、ついにタウト星の至近にまで迫った。しかし、タウト星は依然として、不気味な沈黙を続けている。果たして、この星には何が待っているのだろうか？

　監視衛星を撃破して、タウト星に接近するジェイナス。だが、相変わらずタウト星からは何の反応もなかった。探査ロケットＶＲＣの調査でも、事態は変わらない。ロディたちは、RVで偵察に向かった。しかし、敵はそれをこそ待っていた。発進してきたARVドギルムの部隊と交戦するロディたち。バ一ツやケンツも果敢に応戦する。その時、ロディは危険な賭けに出た。敵部隊の発進してきたハッチから、バイファムで単身、タウト星に侵入したのだ。
　だが、内部にはARVズゴッホの部隊が待ち受けていた。多数の敵に包囲され、ロディは脱出ポッドで分離してまで戦うが、ついに捕虜となってしまう。
　基地司令のもとに連行されたロディは、厳しい尋問にあう。両親の行方を必死にたずねるロディだったが、当然質問には答えてもらえず、さらに厳しい取り調べが行われた。地球軍の配備状況・戦力、そして彼らが何よりも知りたがっていたのは、ジェイナスに積まれている遺跡に関することだった。
　やがて、ロディは牢に移された。そこで、同じように捕らわれの身となっているククトニアンのリベラリスト・グループのリーダーであるジェダと言葉を交わす。ジェダの言によれば、すでに地球人の捕虜は別の星に移された後だという。苦労してせっかく、ここまでたどりついたのに……。激しいショックを受けたロディは、失意のあまりに泣き叫ぶのであった……。

　ふたたび､ジェダがロディに話しかけてきた。ククトニアンのすべてが戦いを望んでいるわけではない。多くのククトニアンが、この戦争を否定しているという。その言葉に、ロディは勇気づけられる｡また､ジェダは自分たちが脱走計画を企てていることを打ち明ける。
　一方、ジェイナスでは連絡の途絶えたロディのことを、みんなが心配していた。カチュアは話し合いを求めようと、小型艇でタウト星に接近するが､ククトニアンに捕まってしまう。ロディとともに尋問を受けるカチュア。軍人たちは同じククトニアンであるカチュアに対しても、容赦のない取り調べを加えるのであった。
　その時､ついにジェダたちの脱走計画が開始された。ロディとカチュアは隙を見て、取り調べ室から逃げ出すことに成功する。一方､ジェイナスもタウト星に起こった変化を感じ､バーツたちがRVで出撃した。なんと、スコットもバイファムに搭乗している。
　ロディのバイファムが敵RVに包囲されたところに､ジェダたちのARVが駆けつけてきた｡そこヘバーツやスコットもやってきて､無事にロディとカチュアは帰艦できた｡大喜びするジェイナスのクルーたち。しかし、タウト星にはすでに両親がいないことを知り、彼らは深く打ちのめされるのであった……。

　ジェダたちが占拠したタウト星で、ロディたちは両親の手がかりを探す｡だが､そんな彼らを物陰から監視するククトニアンの視線があった｡そんなことにも気づかないまま、収容所を調べていたロディたちは、ルチーナの母親が壁に残したメッセージを発見する。泣き出してしまうルチーナ。しかし、もうどうしようもない。
　そこへ、ジェダたちがタウト星から退去することを伝えてきた｡地球の艦隊が接近してきているのだ。ジェダは地球人の捕虜がククト星につれ去られたこと、ジェイナスに積んである遺跡が、ククトニアンの兵器のコンピューターを誤作動させていたことなどを語って、去っていった。
　やがて、地球軍の艦隊が到着した。ローデン大佐の艦隊である。ローデン大佐は、タウト星を前線基地にしようと考え、ロディたちにククト星宙域からの退去を命じる。だが､ククト星を目の前にしたロディたちにとっては、それは納得のできないものだった｡ローデン大佐の艦隊が運んできたRV用新装備スリング・パ二アーを、無断でバイファムやネオファム、トゥランファムに装着するロディたち。これがあれば､ククト星の大気圏内でも、自由に行動することができるのだ。たがその時､タウト星を奪回するため、ククトニアンの大部隊が進攻してきた！

　タウト星を奪還しようとする、ククト軍の攻撃は激烈をきわめていた。ジェイナスはローデン大佐の艦隊が応戦している隙に、タウト星を出港することに成功する｡ところが､実戦に慣れておらず､遺跡による守護もない地球軍は苦戦を強いられている｡ロディはローデン大佐の艦隊に加勢することを主張した｡だが､それもむなしく、両軍は戦闘の被害を受けたタウト星の爆発に巻き込まれ、ともに全滅していった。
　スコットは、直接ジェイナスでククト星の大気圏に突入することを決意する｡もちろん､外宇宙航行用のジェイナスが惑星上に降下すれば､二度と飛び立つことはできない。それでも、両親を助けだそうという子どもたちの決意は揺るがなかった。
　しかし、ここしばらくのロディの無謀な行動の数々は､フレッドにとっては我慢できないことばかりであった。そんな弟の気持ちを察したロディは、フレッドを風呂に誘い、もう危ないことはしないと約束する。
　そして、ついに大気圏突入の時がやってきた。だが、そこへ敵のARV部隊が襲ってきた｡ロディとケンツ､カチュアは迎撃に出て、突入前にジェイナスに戻ることができなくなってしまった。三人の乗るバイファムとトゥランファムはジェイナスから切り離したドッキング・カーゴで大気圏に突入することになるのだった……。

　ククト星に着いたものの、ジェイナスとは別々の地へ降下してしまったドッキング・カーゴ。しかし、無事にジェイナスと連絡がとれ、、ロディ、ケンツ、カチュアの三人は合流地点へ向かう。
　旅の途中、三人は初めて見るククト星の自然に心を奪われる。そして森の中で、クレアド星にあったのと同じ遺跡を発見した｡クレアド星もククト星も､実は過去に放射能で汚染された星であった。遺跡は、自然の回復を促進させる機能を持つものだったのだ。そのため、まだ回復途上にあるククト星に住むのは、軍人と実験体にされたリベラリストたちだけであった。ロディたちは､そんな軍人の部隊に発見されてしまう。
　ククトニアンの部隊を指揮していたのは、タウト星でロディたちを監視していた男＝シド・ミューラァであった。ミューラァのARVデュラッヘは、スリング・パ二アーを装備するバイファムをしのぐ機動性を見せ､ロディたちを追いつめる｡なんとかミューラァの手から逃れたロディたちは、敵が調べていたジェイナスの残骸を発見する。これにより、ロディは自分たちの進む方向が間違っていないことを知った。
　その夜､キャンプをしていた時､ロディは毒虫に指をかまれてしまう。カチュアは懸命にロディの指から毒を吸い出してくれた｡そんなカチュアの姿に、ロディは心ひかれるものを感じ始めていた……。

　トラブル続きだったトゥランファムのスリング・パ二アーの修理を終えたロディたちは、ふたたびジェイナスの仲間たちのもとを目指す｡旅の途中で､彼らはククトニアンの古い博物館の跡を見つけた｡慎重にその中へ足を踏み入れたロディは、意外なものを発見して驚いた｡それは、太陽系や地球の模型である。ククトニアンは太古の昔から太陽系や地球の存在を知っていたのだ｡おそらくは地球人のことも……。
　博物館の中で転がってきた球体に追われたケンツが、底無し沼にはまってしまった。ロディがロープを使って助け出すが､その沼にはジェイナスの破片も落ちていた。たが､その破片を見つけたミューラァの部隊が接近してきたために、ロディたちはまたも激しい攻撃にさらされた。スリング・パ二アーが直りきらないトゥランファムを逃がすため、囮になるロディのバイファム。だが、１機では歯が立たない。トゥランファムも引き帰してきて、雨の中で激戦が繰り広げられた｡ケンツとカチュアは､戦闘の中で機体を破壊されるが、なんとかポッドで脱出｡バイファムとともに、追手を振り切ることに成功する。
　ポッドの燃料もそろそろつきようという時、ロディたちは見覚えのある絵が描かれた風船や旗を発見する。すぐに位置がわかるように、みんなが上げておいてくれたのだ。雨も上がり、晴れ渡った空のもと、13人はふたたび一緒になった……。

　大気圏突入の際に離ればなれになった仲間たちと再会したロディ、カチュア、ケンツ。涙を流して喜ぶフレッド。ジミーとカチュアも互いを心配しあっていたことを語り合う｡そして、シャロンもケンツの靴を直してやるのだった。
　しかし、ミューラァの部隊は執拗に彼らの後を追っていた。ジェイナスに積んである遺跡が発する力線を追跡するミューラァ。だが、すでに子どもたちは、同じ力線を出すダミーをあちこちにバラまいていた。
　しかし、それで稼げる時間はそう多くはない｡ボギーがかろうじて作動しているものの、ジェイナスの破損も大きい｡仲間が全員そろったところで、スコットはジェイナスを捨てる決心をする。ロディはミューラァとの戦いの経験から、ジェイナスの外壁を切り取って、RV用の楯を製作した。
　敵の偵察隊に発見されたものの、本隊に連絡される前に撃破した子どもたちは、ついにジェイナスとの別れを決心し、お別れパーティを開くことにした｡思い思いに楽しい一夜を過ごし、ボギーにさよならを告げた子どもたちは､翌朝出発した。トラックにはクレアド星の遺跡も積んである。
　まずは、このククト星で唯一頼りになるジェダとの合流をめざし、トラックを進めるロディたち。だが、彼らはいつまでも名残り惜しそうに、これまで世話になった愛しい船の方を振り返り続けるのだった……。

　ロディたちが出発した日の夜、ついにミューラァの部隊がジェイナスを発見した。だが、もちろん子どもたちの姿はなく、すべてのデータも封印された後であった。わすかな差で逃してしまったことを悔しがるミューラァ。
　ジェイナスを脱出して、子どもたちはジェダのグループとの合流を目指していた｡彼らなら､きっと力になってくれるに違いない｡
　旅の途中、トゥランファムで偵察に出たバーツとマキはククトニアンの廃虚を発見する｡バーツは､そこでマキに自分の家庭のことを話した。バーツの母は彼が幼い頃に亡くなり、やがて彼の父親は再婚した。だがバ−ツは父の新しい妻を、母と呼ぶことはできなかった。荒れた生活を送るバーツは、ある日、事故で大ケガをして大量の輸血を必要とした。自分の血を提供してバーツを救ったのは、彼が母と呼ぶことを拒否していた人だった。だか､彼女はそのためにお腹に宿っていた新しい命を産むことができなくなってしまったのだった……。
　バーツは今度再会した時にこそ、彼女を母さんと呼ぼうと思っていた。バーツを励ますマキ。そこヘククトニアンの新兵器フローティング・タンクが襲ってきた｡二人は苦戦するが､救援に駆けつけたロディのバイファムの助けでなんとか敵を撃退するのだった。

　ミューラァの部隊はさらに多くのフローティング・タンクを投入し、捜索の手を広げていた。RVで偵察に出たものの、うかつに動きがとれなくなってしまい、ロディやバーツは焦りを色濃くする｡
　その時、トラックで移動しているグループの方にもトラブルが起こっていた｡朝食の準備をしている最中に、４人のククトニアンの子どもが現れたのだ｡子どもたちは、ケンツを人質として、食糧やバズーカを奪い、ジープで逃げていった｡激怒したシャロンは、スコットにトラックを運転させ、その後を追う。
　バズーカをつきつけられ、ジープを運転するケンツは、レーダーにククトニアンの部隊の機影が写っていることに気づいた。だが､子どもたちは何故かククト軍から逃げるように行動する｡やがて、シャロンらが追いつき｢ケンツを返せ！」と子どもたちに迫るが、にらみあいになってしまう。そこへ敵のARVが攻撃してきた。
　ARVは無差別に攻撃を加えてきて、ククトニアンの子どもたちもピンチにさらされる。RVで駆けつけてきたロディやバーツの活躍でなんとか撃破することはできたが、ククトニアンの子どもたちは、敵意のこもった目でロディたちを見つめるのだった｡果たして､彼らは何者なのだろうか？

　ククトニアンの子どもたちが、なぜ軍に追われていたのか？　ロディたちは疑問に思うが、言葉が通じないため、その答は得られなかった。子どもたちは、提供された食事のお礼に、魚を捕りに出かける。だが、最年少のユウが川に流されてしまった。ロディが飛び込んでユウを助けたことから､彼らとの間にも友情が生まれた。
　少しだけ言葉がわかるカチュアが通訳になって話してみると、彼らの両親も収容所に捕らわれていることがわかった。その夜、親睦のパーティを開いた後、一行は子どもたちの持っていた地図に従って、収容所をめざす。
　旅の途中､男の子たちがそろって立ち小便しているところに、ククトニアンのパトロール部隊が襲ってきた。ロディたちはこれを撃退し、橋から落ちそうになっていたマキのバギーもククトニアンの子どもたちの協力で助かるのだった。
　やがて、ロディたちは収容所の近くにたどりついた｡双眼鏡で調べたところ､地球人の姿は見えなかったが､ククトニアンの子どもたちの両親の姿を発見する。

　収容所では、ククトニアンの子どもガイ、メル、ケイ、ユウの両親たちが強制労働をさせられていた｡彼らの両親は、リベラリストだったのだ｡たまらずに飛び出してしまいそうになるガイ。そんな彼らの姿を見て、自分たちと同じ気持ちなのだということを知ったロディたちは、収容所に捕らわれている人々の救出を決意する。
　警備が手薄になった深夜、カチュアとメルが収容所に忍び込む。ロディたちがRVで襲撃し、混乱したところを脱出する作戦を、中の人々に伝えようというのだ。幸いにも、見つかったメルの父親が地球の言葉を話すことができたために、作戦は順調に始まった。
　ロディたちの攻撃で､大混乱になる収容所｡そこへまたしてもミューラァの部隊が襲ってきた。脱出作戦を成功させるため、ロディは単身囮となって、敵をひきつける。その活躍で、リベラリストたちは無事に脱出し､ガイたちも両親と再会することができた｡シャロンたちは、喜ぶガイたちの姿を見て、うらやましくてたまらなくなってしまう。
　一方､ロディのバイファムはミューラァの部隊に包囲され､危機に陥っていた｡スコットたちは､連絡の途絶えたままのロディのことを心配する｡まだ､多難な一夜は終わってはいなかった……。

　ロディからの連絡は、３時間以上が過ぎても途絶えたままだった｡心配するスコットたちのもとへ､メルの父親がある提案を持ってやってきた｡ふたたび収容所を襲い、ここから脱出するための輸送機を奪おうというのだ｡ロディのことを心配しているこの時に、自分勝手な話だと怒ってしまうバーツ。だが、リベラリストたちの考えは、収容所を襲うことで敵の注意を引きつければ､ロディをも救えるというものだったのだ｡その言葉を聞いて、バーツは納得し、作戦に加わることを決意する。
　共同作戦が始まった｡ふたたびの襲撃に収容所は混乱し、ロディを追いつめていたミューラァも引き返さざるを得なくなってしまった。リベラリストたちが敵のARVを奪い、形勢は有利になっていく。RVに乗っていない子どもたちも武器をとって援護する｡ロディのバイファムも応援に駆けつけ、無事輸送機を奪取することに成功した。
　リベラリストたちは､子どもたちを連れ､宇宙コロニーに向かおうとしていた。だが､それはせっかく友情を結んだ子どもたちに、悲しい別れが訪れることを意味していた。ガイがケンツに自分のカバンをプレゼントし、地球の言葉で｢さ・よ・う・な・ら｣と告げる。ロディたちは､飛び立っていく輸送機に向かって、いつまでも手を振り続けるのだった。