ロディたちは､ふたたび13人だけとなって、旅を続けていた。メルの父親から、地球人が捕らわれていると思われる収容所の位置を聞くことができたのだ｡旅の途中､彼らは廃虚にキャンプをはって休息する。
　その夜、とあることからクレアがケガをしたと勘違いしたスコットが、介抱しようとして、胸に手を入れてしまった。しかも、ジェイナスから持ってきたヌード雑誌が見つかってしまい、スコットはクレアから軽蔑されてしまう。
　落ち込んだスコットは､ヌード雑誌を燃やして反省する｡そんなスコットに同情したロディやバーツ、マキのとりなしで､クレアは自分の態度を反省する。
　翌朝､またしてもミューラァの部隊が攻撃をしかけてきた｡さらにガンテツという指揮官の部隊も襲撃に加わった。だが、ミューラァとガンテツは互いに反目しあっていたために、歩調が乱れ、攻撃は激しいながらもロディたちにとどめをさすにはいたらなかった｡そこへ､ジェダたちリベラリストの部隊がやってきた。ジェダたちのARVは、ガンテツの部隊を全滅させ、ロディたちを救出する｡そして、しつこくロディたちを追い続けてきたミューラァを捕らえるのだった。ミューラァは、自分に苦戦を味あわせ続けたバイファムのバイロットが、まだ子どもであったことを知り、激しいショックを受ける……。

　ロディたちは、ジェダたちリベラリスト・グループの基地に身を寄せることになり、そこでククト星の歴史とククトニアンに関することを教えられる。ジェダらの基地は､ARVの工場や通信基地もある大規模なものであった。ジェダたちは、ここを拠点として政府軍に対抗し、地球との和平を主張し続けてきたのである。
　その作戦の一環として、ジェダたちは地球軍とコンタクトをとろうとしていた。スコットたちは、喜んで協力を申し出る。彼らが通信基地に行っている間、ロディは幾度も自分を苦しめたミューラァに会いに行く。地球では子どもでも兵士になるのか､と問うミューラァにロディは答える。「僕は兵士なんかじやありません！」と……。
　ミューラァとの対面の後、ロディはリベラリストの指導者であるサライダ博士と出会う｡博士は､なんとミューラァの育ての親であった。しかも、博士は驚くべき事実を告げた。ミューラァは、ククトニアンの父と地球人の母を持つ混血児だというのである！
　一方､地球軍に呼びかける電波が軍に傍受され､通信基地が襲撃を受けていた。だが、ロディやリベラリストのRVが迎撃し、スコットやマキらも銃をとって奮戦、追い返すことができたのであった。

　リベラリストは、ロディたちの両親が捕らえられている収容所を懸命に探してくれていた。だが､それも思うようにいかず、ロディたちは焦りを覚え始めていた。いっそのこと、自分たちで探した方が良いのではないか、と……。
　その頃､カチュアも自分の悩みを抱えていた。自分の本当の両親のことを知りたかったのである。思いあまってサライダ博士に相談するカチュア。博士の推理によれば、実の両親はベルウィック星に送り込まれた調査隊のメンバーではないかという。
　カチュアとサライダは、調査隊のことにくわしいミューラァから話を聞くことにした｡だが､ミューラァは食事についてきたフォークをカチュアの首に押しあて、人質とした。そして、ロディたちが遺跡を運んできたトラックを奪い、逃亡してしまったのである｡だが､そのトラックの荷台の上には、ロディがしがみついていた。
　フレッドはロディとカチュアを救うためにバイファムを発進させるが、途中でククト軍の部隊と遭遇、足を止められてしまう。一方、ロディに気づいたミューラァは、車から振り落とす。それを知ったカチュアも、飛び降りてしまった。車を止めたミューラァはロディとカチュアに銃を向ける｡だが､互いをかばいあう彼らの姿に自分の両親の姿を重ねたミューラァは、静かに去って行った。

　ジェダたちの調査によって、ついに地球人が捕らえられている収容所の位置が明らかになった。しかも､地球軍の部隊が接近しているという。両親に会える日が間近になったことにはしゃぐ子どもたち。
　その頃、ミューラァは自分たちの兵器を誤作動させて苦しめた遺跡を積んだトラックで、基地に帰投していた。だが、すでにエクストラ力線に対抗する装置が開発されていたため、その行為は功績として認められなかった。しかも､彼の部隊はすでに解散させられており、身体の中に半分流れる地球人の血を理由に､任務からはずされてしまう。ミューラァは、自分に流れる地球人の血を憎む。
　一方、ロディたちは収容所へ向かうため、リベラリストの基地を後にした｡地球軍の接近が予想以上に早かったため､一刻の猶予もないのだ。その途中、カチュアは収容所についた時にジミーだけが両親に会えないことを考え、胸を痛めていた。だが、ジミーは知っていたのだ。自分の両親がベルウィック星ですでに亡くなっていることを。
　ロディたちが駆けつけた時、すでに地球人の捕虜は救出され、ほとんどが地球軍のシャトルに移されていた。ロディやバーツは、シャトルを守るために戦う。その結果、無事に飛び立っていくシャトルの窓に父の姿を見つけるクレア。だが、再会は一瞬で終わってしまった。

　両親に会えなかったために、子どもたちは落ち込んでいた。そこへジェダから良い知らせがもたらされた。リベラリストが地球軍と会見するというのだ。だが宇宙へ向かうシャトルはプログラミング航行するため、途中で襲われたら、ひとたまりもない。ロディたちは航行を成功させるため、ククト軍の基地へ奇襲をかけることにした。
　この作戦が終われば両親に会える！　子どもたちはその一心だったが、襲撃はあっけなく終わった。ミューラァの更迭によって配属された新司令官オタが無能だったのである。
　戦闘中に、スコットはミューラァが逃走に使ったトラックに積まれていた荷物を取り返そうと基地に侵入する。そこへ、戦闘に加わっていなかったミューラァが現れた。彼はもはや敵対する意志を失っていて、スコットの荷物探しに協力までする。
　リベラリストたちと共に子どもたちはシャトルでククト星から旅立つことになった。見送るサライダは、地球への友好の印として、奪い返した遺跡をシャトルに積ませた。名残りを惜しむ子どもたちの眼下に、ボロボロになったジェイナスの姿があった｡　13人は、あらためてジェイナスとボギーに別れを告げる……。

　ロディたちはククト星を離脱した。ついに両親に会えると盛り上がる子どもたち。だが､ククトニアンの両親が行方不明であるカチュアと、すでに両親が亡くなってしまったジミーだけは､そんな喜びと無縁でいた。そんなジミーに、自分の家に来て弟にならないかと勧めるケンツ。カチュアのことを気づかうロディも､地球で落ち着いてから両親を捜しに来ればいい、自分たちも傍についていると説得する。カチュアはロディの気持ちをうれしく思いながらも、納得できないものを抱えていた。
　リベラリストと地球軍のバンガード艦隊の間に通信が交わされ、子どもたちの両親の無事が確認された。しかし、そこヘククト軍の追撃部隊が現れた。ロディたちはジャトルに積んであったRVでこれを撃退する。
　だが、ククト艦にはミューラァが密航していた。ミューラァはロディとの決着をつけるべく、単身で挑んできた。苦戦するロディ。ククト軍の司令官アイゼルは､ミューラァの存在を邪魔に思い、ロディたちもろとも抹殺しようと砲撃を加えてくる。上官の卑劣な行動に怒りを覚えたミューラァは、機体をアイゼルの艦に突撃させる。自分の今までの生き方を後悔しつつ……。
　爆発の閃光の中、ロディたちはミューラァの吹く口笛の音を聞いた……。

　13人の子どもたちを乗せたリベラリストのシャトルは、地球軍から指定されたコンタクトの宙域に向かっていた｡折しも､その日はルチーナの誕生日。みんなでパーティを開くことになった｡まだ地球行きを迷うカチュアやジミーを子どもたちは懸命に説得しつつ･･･。
　パーティは、半月ほど先が誕生日のケンツ、みんなに言わないままに誕生日が過ぎてしまったジミーのお祝いも兼ねて行うことになる。ケンツはジミーに大切な薬莢を送り、ルチーナはジミーからトカゲの尻尾をお守りにもらう。３人はケーキに立てた、まとめて23本のロウソクを一気に吹き消した。
　パーティが盛り上がっている最中、またも敵が襲ってきた。ミューラァの突撃にも生き延びたアイゼルが最後の総力戦を挑んできたのだ。両親との再会を目前にして、ここでやられるわけにはいかない。ロディたちは必死に応戦する。だが、大攻勢の前に、バーツやマキ、カチュアのRVが次々と損傷していく。
　もうダメか､という空気がシャトルの中に流れ、ルチーナはジミーにもらったお守りを握りしめる。その瞬間に奇跡は起こった。地球軍の部隊が救援に駆けつけてきたのである。リベラリストも子どもたちも救われた。戦いの終わった後､ルチーナは尻尾のお守りをずっと大切にすることを誓うのだった……。

　地球艦隊の旗艦バンガードを訪れたロディとバーツは、司令官にカチュアのことを頼む。戦災孤児として扱えば問題はないという言葉に安心するロディ。こうして、リベラリストと地球軍の会談も開始された。
　子どもたちは英雄としてバンガードに迎えられる。カチュアもまた、地球へ向かう決心を固めつつあった。たがジミーは｢カチュアはママに会えなくていいの？｣と問われ、心を動かされる。子どもたちは、それぞれが旅の終わりを自分なりに締めくくろうとしていた。スコットはキャプテンをやめる挨拶をし、ロディは世話になったバイファムに別れを告げる。カチュアとジミーをのぞく全員の両親の無事もあらためて確認された。すべては終わったのだ。
　会見は友好的に終了した。ジェダと地球軍司令官の間に固い握手が交わされる。子どもたちにならって、友好的な関係を築いていきたいと両者は語り合う。
　そして、バンガードとジェダたちのシャトルが接続を切り離した。だが、カチュアとジミーの姿がない。そこへ、シャトルで一緒だったデュボアから通信が入ってきた。今は二人をそっとしておいてあげてほしい、と。いま地球に行ったら二度と両親と会えなくなると、カチュアは考えていたのだ。子どもたちは窓の外で離れていくシャトルの姿を見ながら、カチュアとジミーの名前を呼んだ。特に、弟ができると喜んでいたケンツは泣いた。
　離れていくシャトルにバンガードが主砲を向けた。まさか･･･と思われた一瞬ののち、宇宙に放たれたのは、紙飛行機の群れてあった。それはカチュアとジミーを見送る子どもたちからのエールだった。13人はその光景を見ながら、いつまでも自分たちが仲間であることを信じていた……。